Die unterirdische Stadt Zion steht vor der Zerstörung durch eine Armee von Killerdroiden, während Neo in die Matrix zurückkehrt, um seine Bestimmung zu erfüllen. Er sucht Rat beim Orakel und begegnet dem Merowinger und seiner mysteriösen Frau Persephone. Gleichzeitig stellt sich Neo seinem Erzfeind Agent Smith, der in vielfacher Gestalt auftaucht.